Na América Latina o grupo desenvolve suas atividades por meio de seis empresas e uma equipe de cerca de 500 pessoas, com operações em 80 portos da região. No Brasil, sede regional do Grupo, o escritório comercial opera desde 2002. No Chile está presente por meio da subsidiária NYK Sudamerica Ltda, com sede em Santiago e escritórios em Valparaiso e Iquique, além de operações em 28 portos. A NYK de México S.A está funcionando desde 2007, sendo que desde 2003 com representação local. Possui escritórios na Cidade do México e em Manzanillo, atuando com três portos em operação.

Já na região do Riverplate - Argentina (Buenos Aires, San Jose e filiais), Uruguai (Montevideo) e Paraguai (Assunção) - a empresa tem a participação de 60% do Grupo Multimar desde 2007. Nos três países, são 12 portos em operação.